-
1.
NMR v trdnem
-
Raziskujemo polimorfizem med anorganskimi in farmacevtskimi snovmi, dostavne sisteme zdravilnih učinkovin na podlagi mezoporoznih silikatov in preučujemo interakcije med molekulami zdravilne učinkovine in nosilci teh molekul. Poleg bolj uveljavljenih metod pri raziskavah v veliki meri uporabljamo NMR spektroskopijo visoke ločljivosti v trdnem in ab-initio izračune parametrov, ki jih merimo z magnetno resonanco.
Z znanjem, ki ga imamo:
- razvijamo metode za snemanje visoko-ločljivih NMR spektrov v trdnem in uporabljamo te metode za študij strukturnih značilnosti trdnih snovi,
- postavljamo strojno in programsko opremo za ab-initio računanje kemijskih premikov v kristalnih snoveh z majhnimi in srednje velikimi osnovnimi celicami,
- študiramo polimorfizem anorganskih in farmacevtskih snovi in
- študiramo dostavne sisteme zdravilnih učinkovin na podlagi mezoporoznih silikatnih nosilcev.

Vodja projekta:

Reference:
- G. Mali, A. Meden, R. Dominko, 6Li MAS NMR spectroscopy and first-principles calculations as a combined tool for the investigation of Li2MnSiO4 polymorphs, Chem. Commun. 2010, 46, 3306.
- N. Novak Tušar, A. Ristić, G. Mali, M. Mazaj, I. Arčon, D. Arčon, V. Kaučič, N. Zabukovec Logar, MnOx nanoparticles supported on a new mesostructured silicate with textural porosity, Chem. Eur. J. 2010, 16, 5783.
- N. Zabukovec Logar, G. Mali, N. Rajić, S. Jevtić, M. Rangus, A. Golobič, V. Kaučič, Structure investigation of fluorinated aluminophosphate ULM-3 Al templated by 3-methylaminopropylamine, J. Solid State Chem. 2010, 183, 1055.
- N. Malicki, G. Mali, A.-A. Quoineaud, P. Bourges, L. J. Simon, F. Thibault-Starzyk, C. Fernandez, Aluminium triplets in dealuminated zeolites detected by 27Al NMR correlation spectroscopy, Microporous Mesoporous Mater. 2010, 129, 100.
- G. Mali, V. Kaučič, F. Taulelle, Measuring distances between half-integer quadrupolar nuclei and detecting relative orientations of quadrupolar and dipolar tensors by DQ homonuclear dipolar recoupling NMR experiments, J. Chem. Phys. 2008, 128, 204503.
-
2.
NMR spektroskopija v raztopini
-
Večina zdravilnih učinkovin, ki so danes v klinični uporabi, so manjše organske molekule. Z NMR spektroskopijo jih znamo identificirati in karakterizirati. Pri kemijskih sintezah poleg želenih produktov, ki predstavljajo zdravilno učinkovino, nastanejo tudi stranski, neželeni produkti. Moderne NMR tehnike so postale eno izmed glavnih orodij za njihovo kvalitativno in kvantitativno določanje. NMR spektroskopija nam omogoča tudi študij interakcij med molekulami (npr. vezava majhne molekule na polimer), določevanje fleksibilnosti posameznih delov strukture, itd.
Z znanjem, ki ga imamo:
- razvijamo in vpeljujemo nove metodologije in NMR tehnike za karakterizacijo spojin v raztopini,
- izvajamo strukturne študije kompleksnih spojin v raztopini,
- študiramo medmolekulske interakcije (npr. dokazovanje vodikovih vezi) in dinamična ravnotežja (npr. študij tavtomerij),
- se ukvarjamo z določevanjem kristaliničnosti in amorfnosti trdnih vzorcev ter njihovih interakcij v trdnem in
- določamo strukture nukleinskih kislin in njihovih interakcij v raztopini.

Vodja projekta:

Reference:
- da Silva, M.W., Trajkovski, M., Sannohe, Y., Hessari, N.M., Sugiyama, H. and Plavec, J. (2009) Design of a G-quadruplex topology through glycosidic bond angles. Angew. Chem. Int. Edit., 48, 9167-9170.
- Makuc, D., Triyanti, Albrecht, M., Plavec, J., Rissanen, K., Valkonen, A. and Schalley, C.A. (2009) The halide binding behavior of 2-carbamoyl-7-ureido-1H-indoles: Conformational aspects. Eur. J. Org. Chem., 4854-4866.
- Makuc, D., Lenarcic, M., Bates, G.W., Gale, P.A. and Plavec, J. (2009) Anion-induced conformational changes in 2,7-disubstituted indole-based receptors. Org. Biomol. Chem., 7, 3505-3511.
- Podbevsek, P., Sket, P. and Plavec, J. (2008) Stacking and not solely topology of T3 loops controls rigidity and ammonium ion movement within d(G4T3G4)2 G-quadruplex. J. Am. Chem. Soc., 130, 14287-14293.
- Šket, P. and Plavec, J. (2007) Not all G-quadruplexes exhibit ion-channel-like properties: NMR study of ammonium ion (non)movement within the d(G3T4G4)2quadruplex. J. Am. Chem. Soc., 129, 8794-8800.
-
3.
Karakterizacija bioloških makromolekul v raztopini
-
Raziskave fokusiramo na določevanje struktur in študije molekularne dinamike človeških proteinov in njihovih kompleksov s tarčnimi biomolekulami (peptidi, DNA/RNA) z vidika možnih aplikacij v medicini.
Z znanjem, ki ga imamo:
- določamo tri-dimenzionalnih struktur proteinov,
- preučujemo komplekse med proteini ter med proteini in peptidi,
- analiziramo molekularne dinamike makromolekul s pomočjo podatkov o 15N relaksaciji,
- vrednotimo strukturne razlike proteinov,
- sintetiziramo in čistimo kratke RNK fragmente za strukturne študije kompleksov s človeškimi prionskimi proteini.

Vodja projekta:

Reference:
- Skerget, K., Taler-Vercic, A., Bavdek, A., Hodnik, V., Ceru, S., Tusek-Znidaric, M., Kumm, T., Pitsi, D., Pompe-Novak, M., Palumaa, P., Soriano, S., Kopitar-Jerala, N., Turk, V., Anderluh, G., and Zerovnik, E. (2010) “Interaction between oligomers of stefin B and amyloid-β in vitro and in cells”, J Biol Chem, 285, 3201-3210.
- Brasun, J., Cebrat, M., Jaremko, L., Jaremko, M., Ilc, G., Gladysz, O., and Zhukov, I. (2009) “The structural effects of the Cys-S-S-Cys bridge exchange by the His-Cu(II)-His motif studied on natural peptides – a promising tool for natural compunds-based design”, Dalton Trans., 4853-4857.
- Zhukov, I., Ejchart, A., and Bierzynski, A. (2008) “Structural and motional changes induced in apo-S100A1 protein by the disulfide formation between its Cys85 residue and β-mercaptoethanol”, Biochemistry, 47, 640-650.
- Gozdek, A, Zhukov, I., Polkowska, A., Poznanski, J., Stankiewich-Drogon, A., Pawlowicz, J.M., Zagorski-Ostoja, W., Borowski, P., and Boguszewska-Chahulska, A.M. (2008) “NS3 peptide, a novel potent Hepatitis C virus NS3 helicase inhibitor: its mechanism of action and antiviral activity in the replicon system”, Antimicrob. Agents and Chemother., 52, 393-401.
- Kazimierczuk, K., Zawardzka, A., Kozminski, W., and Zhukov, I. (2008) “Determination of spin-spin couplings from ultrahigh resolution 3D NMR spectra obtained by optimized random sampling and multidimensional Fourier transformation”, J. Am. Chem. Soc., 130, 5404-5405.
-
4.
Načrtovanje zdravilnih učinkovin
-
Z metodami NMR spektroskopije identificiramo in določamo intermolekularne interakcije pri tvorbi kompleksov ligand-receptor. Zanimajo nas proteinske tarče, ki imajo potencial za razvoj novih zdravilnih učinkovin. Razvijamo nove teste za spremljanje encimske aktivnosti in inhibitorne aktivnosti ligandov. Raziskujemo strukturno-dinamičen vpogled v razlike med inhibitornimi aktivnostmi novih ligandov, ki lahko bistveno nadgradi racionalno načrtovanje novih zdravilnih učinkovin osnovano le na študijah rigidne kristalne strukture.
Z znanjem, ki ga imamo raziskujemo:
- na področju NMR rešetanja novih ligandov proteinskih tarč,
- konformacijo in dinamiko molekul in njihovih kompleksov,
- interakcije ligand-receptor,
- interakcije molekul z membranami,
- molekularne transformacij,e
- izolacijo izotopsko označenih proteinskih tarč in
- teste encimske aktivnosti.

Vodja projekta:
- doc. dr. Simona Golič Grdadolnik
Reference:
- FOTAKIS, Charalambos, GEGA, S., SIAPI, Eleni, POTAMITIS, Konstantinos, VIRAS, Kyriakos, MOUTEVELIS MINAKAKIS, Panayiota, KOKOTOS, George, DURDAGI, Serdar, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, SARTORI, B., RAPPOLT, Michael, MAVROMOUSTAKOS, Thomas. Interactions at the bilayer interface and receptor site induced by the novel synthetic pyrrolidinone analog MMK3. Biochim. biophys. acta, Biomembr.. [Print ed.], 2010, vol. 1798, no. 3, str. 422-432,
- SIMČIČ, Mihael, HODOŠČEK, Milan, HUMLJAN, Jan, KRISTAN, Katja, URLEB, Uroš, KOCJAN, Darko, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. NMR and molecular dynamics study of the binding mode of naphthalene-N-sulfonyl-D-glutamic acid derivatives: novel MurD ligase inhibitors. J. med. chem., 2009, vol. 52, no. 9, str. 2899-2908.
- KOROŠEC, Tina, AČIMOVIČ, Jure, SELIŠKAR, Matej, KOCJAN, Darko, FON TACER, Klementina, ROZMAN, Damjana, URLEB, Uroš. Novel cholesterol biosynthesis inhibitors targeting the human lanosterol 14[alpha]-demethylase (CYP51). Bioorg. med. chem.. [Print ed.], 2008, vol. 16, no. 1, str. 209-221.
- KOROŠEC, Tina, GRDADOLNIK, Jože, URLEB, Uroš, KOCJAN, Darko, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Synthesis, Conformation, and Stereodynamics of a Salt of 2-[2-(3,4-Dichlorophenyl)- ethyl]propylamino)-1-pyridin-3-ylethanol. J. org. chem., 2006, vol. 71, no. 2, str. 792-795.
- URLEB, Uroš, KOCJAN, Darko, KOROŠEC, Tina, ROZMAN, Damjana, AČIMOVIČ, Jure, TOMAŽIČ, Alenka, RODE, Breda. Heterocyclic compounds : WO2007/073935 A1 : št. prijave PCT/EP2006/012541 : datum prijave: 27 December 2006 : prioritetni datum: 29 December 2005. World Intellectual Property Organization, 2007; Geneve. 37 str.
-
5.
Sintezna biologija
-
Usmerjeni smo v raziskave na področju sintezne imunologije ter bionanomaterialov. Znanje o molekularnih mehanizmih naravne imunosti predstavlja osnovo za uravnavanje pretiranega celičnega odziva ter omogoča načrtovanje usklajene aktivacije naravne in pridobljene imunosti za bolj učinkovita cepiva. Biološki sistemi po drugi strani predstavljajo izjemno zmogljivo platformo za tvorbo umetnih nanostruktur, ki so lahko uporabne na številnih tehnoloških področjih.
Z znanjem, ki ga imamo:
- raziskujemo nove generacije hibridnih vakcin in mehanizemov adjuvansov
- pripravljamo fuzije antigenov s flagelini,
- pripravljamo topni MD-2 za določitev konformacije vezanega agonista.
- raziskujemo peptidne inhibitore kot potencialne učinkovine za zdravljenje bolezni akutnih infekcijskih ter kroničnih vnetnih bolezni
- modeliramo, pripravljamo ter testiramo različne načine vnosa,
- testiramo inhibicije signalizacije s peptidi na celicah.
- raziskujemo bionanomateriale
- dizajniramo in določamo strukture ovitih vijačnic kot osnovni gradbeni element pripravljamo funkcionalni material za rast celičnih kultur
Vodja projektov:

Reference:
- RESMAN, Nuša, VAŠL, Jožica, OBLAK, Alja, PRISTOVŠEK, Primož, GIOANNINI, Theresa L., WEISS, Jerrold P., JERALA, Roman. Essential roles of hydrophobic residues in both MD-2 and toll-like receptor 4 in activation by endotoxin. J Biol Chem, 2009, issue 22, vol. 284, str. 15052-15060.
- MANČEK KEBER, Mateja, GRADIŠAR, Helena, INIGO PESTANA, Melania, TEJADA DE GARAIZÁBAL, Guillermo Martinez de, JERALA, Roman. Free thiol group of MD-2 as the target for inhibition of the lipopolysaccharide-induced cell activation. J Biol Chem, 2009, vol. 284, no. 29, str. 19493-19500.
- VAŠL, Jožica, OBLAK, Alja, GIOANNINI, Theresa L., WEISS, Jerrold P., JERALA, Roman. Novel roles of lysines 122, 125, and 58 in functional differences between human and murine MD-2. J Immunol (Baltim. Md., 1950), 2009, issue 8, vol. 183, str. 5138-5145
- PIRHER, Nina, IVIČAK, Karolina, POHAR, Jelka, BENČINA, Mojca, JERALA, Roman. A second binding site for double-stranded RNA in TLR3 and consequences for interferon activation. Nature structural & molecular biology. 2008, vol. 15, no. 7, str. 761-763.
- JAPELJ, Boštjan, ZORKO, Mateja, MAJERLE, Andreja, PRISTOVŠEK, Primož, SANCHEZ-GOMEZ, Susana, TEJADA DE GARAIZÁBAL, Guillermo Martinez de, MORIYON, Ignacio, BLONDELLE, Sylvie E., BRANDENBURG, Klaus, ANDRÄ, Jörg, LOHNER, Karl, JERALA, Roman. The acyl group as the central element of the structural organization of antimicrobial lipopeptide. J. Am. Chem. Soc., 2007, vol. 129, no. 5, str. 1022-1023.
-
6.
Vibracijska spektroskopija zdravil in pomožnih substanc
-
Jedro raziskav v okviru RRP8 programa predstavlja razvoj metodologije za uporabo vibracijske spektroskopije (infrardeča spektroskopija, ramanska spektroskopija, vibracijski cirkularni dikroizem in infrardeča refleksijsko absorpcijska spektroskopija) za strukturne študije zdravil in pomožnih spojin. Te študije bomo nadgradili s študiji interakcij ter prenosa in enkapsulacije zdravil.
Z znanjem, ki ga imamo:
- izvajamo študije z vibracijsko spektroskopijo (ramanska in infrardeča spektroskopija)
- kvantitativna in kvalitativna informacija o preiskovanem vzorcu,
- popolna informacija o strukturi in dinamiki molekule,
- komplementarne informacije ramanske in infrardeče spektroskopije,
- hitri in nedestruktivni spektroskopski metodi,
- uporabna za vsa tri agregatna stanja.
- izvajamo vpogled v strukturo in dinamiko makro in mikro vzorcev,
- izboljšujemo metodologije reševanja vibracijskega problema omogoča njeno uporabo na vseh raziskovalnih področjih.
Vodja projekta:
Reference:
- GRDADOLNIK, Jože, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, AVBELJ, Franc. Determination of conformational preferences of dipeptides using vibrational spectroscopy. J. phys. chem., B Condens. mater. surf. interfaces biophys., 2008, vol. 112, no. 9, str. 2712-2718.
- AVBELJ, Franc, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, GRDADOLNIK, Jože, BALDWIN, Robert Lesh. Intrinsic backbone preferences are fully present in blocked amino acids. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2006, vol. 103, no. 5, str. 1272-1277
- GRDADOLNIK, Jože, MARÉCHAL, Yves. Hydrogen-deuterium exchange in bovine serum albumin monitored by Fourier transform infrared spectroscopy. Part I, Structural studies. Appl. spectrosc., 2005, vol. 59, no. 11, str. 41-50.
- GRDADOLNIK, Jože, MARÉCHAL, Yves. Hydrogen-deuterium exchange in bovine serum albumin monitored by Fourier transform infrared spectroscopy. Part II, Kinetic studies. Appl. spectrosc., 2005, vol. 59, no. 11, str. 51-80.
- ŽAGAR, Ema, HUSKIĆ, Miroslav, GRDADOLNIK, Jože, ŽIGON, Majda, ZUPANČIČ-VALANT, Andreja. The effect of annealing on the rheological and thermal properties of aliphatic hyperbranched polyester based on 2,2-bis (methylol) propionic acid. Macromolecules, 2005, vol. 38, no. 9, str. 3933-3942.
-
7.
Nuklearni kvantni efekti
-
Naše delo je usmerjeno v razumevanje nuklearnih kvantnih efektov v bioloških sistemih. Študiramo majhne vodikovo vezane sisteme, encime in receptorje.
Z znanjem, ki ga imamo:
- delamo raziskave na področju razumevanja katalitičnega koraka encimov (lipoksigenaza in MAO B),
- načrtujemo nove inhibitorje kot analogov prehodnega stanja),
- delamo na razumevanju proženja receptorjev (trenutno nihče ne razlikuje a priori med agonisti in anatagonisti),
- delamo kvantne izračuni, NMR refinement,
- natančne študije modelnih sistemov s kratkimi vodikovih vezi,
- v doglednem času bomo z našimi izračuni razlikovali med agonisti in antagonisti.
Vodja projekta:
Reference:
- PERDAN-PIRKMAJER, Katja, MAVRI, Janez, KRŽAN, Mojca. Histamine (re)uptake by astrocytes : an experimental and computational study. J. mol. model., 2010, letn. 16, št. 6, str. 1151-1158.
- PIRC, Gordana, STARE, Jernej, MAVRI, Janez. Car-Parrinello simulation of hydrogen bond dynamics in sodium hydrogen bissulfate. J. chem. phys., 2010, vol. 132, v tisku
- KAMERLIN, Shina Caroline Lynn, MAVRI, Janez, WARSHEL, Arieh. Examining the case for the effect of barrier compression on tunneling vibrationally enhanced catalysis, calalytic entropy and related issues. FEBS lett.. [Print ed.], 2010, v tisku
- JEZIERSKA, Aneta, PANEK, Jaroslaw J., KOLL, Aleksander, MAVRI, Janez. Car-Parrinello simulation of an O-H stretching envelope and potential of mean force of an intramolecular hydrogen bonded system : application to a Mannich base in solid state and in vacuum : [article selected for the Virtual journal of biological physical research (Vol.13, iss. 11, June 1, 2007)]. J. chem. phys., 2007, vol. 126, no. 20, art. no. 205101. .
- STARE, Katarina, STARE, Jernej, MAVRI, Janez. Structure and vibrational dynamics of hydrogen bond in hydrogenbissulfate anion in the gas phase and in the solid state : a computational study. J. mol. struct.. [Print ed.], 2007, vol. 844/845, no. 1/3, str. 215-221.
-
8.
Farmacevtski dostavni sistemi
-
Svoje raziskovalne aktivnosti usmerjamo v sintezo novih poliesteramidnih biorazgradljivih, biokompatibilnih in netoksičnih dendritskih polimerov (dendronov, dendrimerov in dendritsko – linearnih hibridnih struktur), ki bodo uporabni kot vodotopni nosilci za kontrolirano dostavo zdravilnih učinkovin z visoko kapaciteto polnjenja.
Z znanjem, ki ga imamo:
- sintetiziramo nove poliesteramidne dendritske polimere, ki bodo uporabni za dostavne sisteme,
- pripravljamo komplekse in konjugate zdravilnih učinkovin s polimernimi nosilci,
- opredeljujemo nekovalentne interakcije v kompleksu, strukture konjugatov, kapacitete polnjenja, vodotopnosti in opredeljujemo strukture, molske mase, termičnih lastnosti in morfologije polimerov, ki se uporabljajo v farmacevtskih formulacijah,
- opredeljujemo strukture, molske mase, termičnih lastnosti in morfologije polimerov, ki se uporabljajo v farmacevtskih formulacijah.
Vodja projekta:

Reference:
- GRIČAR, Maja, ŽIGON, Majda, ŽAGAR, Ema. Elution behaviour of poly(lactide-co-succinimide) copolymers studied by SEC-MALS. Anal. Bioanal.Chem., 2009, vol. 393, no. 6/7, str. 1815-1823.
- FIJAN, Rebeka, BASILE, Michele, ŠOSTAR-TURK, Sonja, ŽAGAR, Ema, ŽIGON, Majda, LAPASIN, Romano. A study of rheological and molecular weight properties of recycled polysaccharides used as thickeners in textile printing. Carbohydr. Polym.. [Print ed.], Mar. 2009, vol. 76, iss. 1, str. 8-16.
- PELJHAN, Sebastijan, ŽAGAR, Ema, CERKOVNIK, Janez, KOGEJ, Ksenija. Strong intermolecular association between short poly(ethacrylic acid) chains in aqueous solutions. J. phys. chem., B Condens. Mater. Surf. Interfaces Biophys., 2009, vol. 113, no. 8, str. 2300-2309.
- ŽAGAR, Ema, HUSKIĆ, Miroslav, ŽIGON, Majda. Structure-to-properties relationship of aliphatic hyperbranched polyesters. Macromol. Chem. Phys., 2007, vol. 208, no. 13, str. 1379-1387.
- ŽAGAR, Ema, ŽIGON, Majda, PODZIMEK, Štěpán. Characterization of commercial aliphatic hyperbranched polyesters. Polymer (Guildf.). [Print ed.], 2006, vol. 47, no. 1, str. 166-175.
-
9.
Spojine za diagnostiko in terapijo v medicini
-
Ukvarjamo se z načrtovanjem in sintezo novih molekularnih sond za diagnostiko in novih potencialnih učinkovin za borbo proti različnim boleznim. Še posebej odmevni so rezultati na področju raziskav molekularne sonde (FDDNP) za detekcijo proteinskih agregatov in diagnostiko nevrodegenerativnih bolezni. Spojina FDDNP (1-{6-[(2-fluoroetil)(metil)amino]naftalen-2-il}etiliden)propandinitril) omogoča in-vitro detekcijo proteinskih agregatov s fluorescenčno mikroskopijo ter in vivo s pozitronsko emisijsko tomografijo (PET). Zelo pomembni so tudi rezultati, ki jih dosegajo iz področja razvoja modernih sinteznih metod (C-H aktivacija in metatezne študije), ki predstavljajo znaten prispevek k poznavanju in razvoju ekonomičnih, ekološko sprejemljivejših in kemijsko učinkovitejših sinteznih poti.
Z znanjem, ki ga imamo:
- načrtujemo sinteze majhnih in srednjevelikih organskih molekul,
- raziskujemo strukturo, stabilnost in reaktivnost organskih molekul,
- študiramo fizikalne lastnosti organskih molekul (molekulsko prepoznavanje, optične in elektrokemične lastnosti) in
- izvajamo modifikacije površin z organskimi molekulami.

Vodja projekta:
Reference:
- KIDEMET, Davor, ZUPET, Rok, SMODIŠ, Janez, ŠTEFANE, Bogdan, POŽGAN, Franc. Process and intermediates for the preparation of aliskiren: Application No. 09176568.5-1211. Rijswijk: European Patent Office, 11. 1. 2010.
- KIDEMET, Davor, BENKIČ, Primož, KLJAJIĆ, Alen, ŠTEFANE, Bogdan. Efficient synthesis for the preparation of montelukast: Application No. 09165400.4-2117. Munich: European Patent Office, 3. 9. 2009.
- KEPE, Vladimir, GHETTI, Bernardino, FARLOW, Martin R., BRESJANAC, Mara, MILLER, Karen, HUANG, Sung-Cheng, WONG, Koon-Pong, MURRELL, Jill Renee, PICCARDO, Pedro, EPPERSON, Francine, REPOVŠ, Grega, ŠMID, Lojze, PETRIČ, Andrej, SIDDARTH, Prabha, LIU, Jie, SATYAMURTHY, Nagichettiar, SMALL, Gary W., BARRIO, Jorge R. PET of brain prion amyloid in Gerstmann-Sträussler-Scheinker disease. Brain pathol. 2009, 419-430.
- BARRIO, Jorge R., SATYAMURTHY, Nagichettiar, HUANG, Sung-Cheng, PETRIČ, Andrej, SMALL, Gary W., KEPE, Vladimir. Dissecting molecular mechanisms in the living brain of dementia patients. Acc. chem. Res. 2009, 42, 842-850.
- BARRIO, Jorge R., PETRIČ, Andrej, SATYAMURTHY, Nagichettiar, SMALL, Gary W., COLE, Gregory M., HUANG, Sung-Cheng. Compositions for labeling ß-amyloid plaques and neurofibrillary tangles. United States Patent, patent no. US 7.341.709 B2, March 11, 2008. Oakland: World Intelectual Property Organization, 2008, 1-19.
- Požgan, F.; Dixneuf, P. H. Recent applications of alkene metathesis for fine chemicals and supramolecular system synthesis. V Metathesis chemistry: from nanostructure design to synthesis of advanced materials, İmamoglu, Y.; Dragutan, V. (ur.), London: Springer, 2007, Vol. 243, str. 195-222.
-
10.
Biološko aktivne koordinacijske spojine
-
Ukvarjamo se s sintezo kompleksov naravnih antioksidantov, cinkovih in kobaltovih komplesov kot modelnih spojin za metalo-encime ter novih biološko aktivnih rutenijevih komplesov, natančno strukturno karakterizacijo teh spojin v trdnem stanju z rentgensko difrakcijo in v raztopini z NMR spektroskopijo ter preverjanjem njihove potencialne uporabnosti za terapevtske namene.
Z znanjem, ki ga imamo:
- določamo strukture spojin z rentgensko difrakcijo na monokristalih,
- izvajamo sinteze cinkovih kompleksov s pivalatom in dušikovimi ligandi,
- izvajamo sinteze novih rutenijevih koord. spojin z ligandi piridil-triazoli in kinoloni,
- izvajamo sinteze Cu(II), Zn(II), Co(II) kompleksov s ksanturinsko kislino in
- karakterizacijo različnih snovi z uporabo rentgenske praškovne difrakcije.
Vodja projekta:
Reference:
- MOLČANOV, Krešimir, KOJIĆ-PRODIĆ, Biserka, MEDEN, Anton. Unique electronic and structural properties of 1,4-benzoquinones : crystallochemistry of alkali chloranilate hydrates. Croat. chem. acta, 2009, vol. 82, no. 2, str. 387-396.
- ZIDAR, Jernej, TRATAR-PIRC, Elizabeta, HODOŠČEK, Milan, BUKOVEC, Peter. Copper(II) ion binding to cellular prion protein. J. chem. inf. mod., 2008, vol. 48, no. 2, str. 283-287.
- BIČEK, Ajda, TUREL, Iztok, KANDUŠER, Maša, MIKLAVČIČ, Damijan. Combined therapy of the antimetastatic compound NAMI-A and electroporation on B16F1 tumour cells in vitro. Bioelectrochemistry. [Print ed.], 2007, vol. 71, no. 2, 113-117.
- PERDIH, Franc, PEVEC, Andrej, PETRIČEK, Saša, PETRIČ, Andrej, LAH, Nina, KOGEJ, Ksenija, DEMŠAR, Alojz. The solution structures and dynamics and the solid-state structures of substituted cyclopentadienyltitanium(IV) trifluorides. Inorg. chem., 2006, vol. 45, no. 19, str. 7915-7921.
-
11.
NMR novih »pametnih« materialov
-
Raziskujemo nove »pametne« materiale, ki so trenutno v ospredju zanimanja fizike trdne snovi. Fizikalne lastnosti »pametnih« materialov so dovolj zapletene in neintuitivne, da jih obstoječe teorije v fiziki trdne snovi ne uspejo razložiti. Namen raziskav je doprinos k fiziki trdne snovi ob zavedanju, da so nove, neintuitivne lastnosti materialov tehnološko praviloma zanimive. Osrednja eksperimentalna tehnika naših raziskav je jedrska magnetna resonanca, dopolnjujemo pa jo z meritvami transportnih lastnosti in visokoločljivo kalorimetrijo.
Z znanjem, ki ga imamo:
- raziskujemo »pametne« kovinske zlitine, ki se ponašajo s kombinacijo visoke električne prevodnosti in nizke toplotne prevodnosti; kombinacijo trdote, elastičnosti in nizkega koeficienta trenja; visoko kapaciteto za shranjevanje vodika; termičnim spominskim efektom, ki omogoča termični zapis digitalne informacije izključno z manipulacijo temperature,
- uporabljamo visokotemperaturne superprevodnike, ki omogočajo prevajanje elektrike brez izgub pri precej višjih temperaturah kot konvencionalni superprevodniki,
- raziskujemo kvantne spinske sisteme, ki predstavljajo mogočo realizacijo kvantnih računalnikov prihodnosti in
- raziskujemo tekoče-kristalne elastomere z gigantskim termomehanskim ali elektromehanskim odzivom, ki bi lahko bili primerni za uporabo pri stikalih in umetnih mišicah.

Vodja projekta:
Reference:
- TAKABAYASHI, Yasuhiro, JEGLIČ, Peter, ARČON, Denis, et al.. The disorder-free non-BCS superconductor Cs[sub]3C[sub](60) emerges from an antiferromagnetic insulator parent state. Science (Wash. D.C.), 2009, vol. 323, no. 5921, str. 1585-1590.
- DOLINŠEK, Janez, SLANOVEC, Jernej, JAGLIČIĆ, Zvonko, HEGGEN, M., BALANETSKYY, S., FEUERBACHER, M., URBAN, K. Broken ergodicity, memory effect, and rejuvenation in Taylor-phase and decagonal Al[sub]3(Mn, Pd, Fe) complex intermetallics. Phys. rev., B, Condens. matter mater. phys., 2008, vol. 77, no. 6, str. 064430-1-064430-18.
- KLANJŠEK, Martin, et al. Controlling Luttinger liquid physics in spin ladders under a magnetic field. Phys. rev. lett., 2008, vol. 101, no. 13, str. 137207-1-137207-4.
- ZORKO, Andrej, et al. Dzyaloshinsky-Moriya anisotropy in the spin-1/2 kagome compound ZnCu[sub]3(OH)[sub]6Cl[sub]2. Phys. rev. lett., 2008, vol. 101, no. 2, str. 026405-1-026405-4.
- CORDOYIANNIS, George, LEBAR, Andrija, ZALAR, Boštjan, ŽUMER, Slobodan, FINKELMANN, Heino, KUTNJAK, Zdravko. Criticality controlled by cross-linking density in liquid single-crystal elastomers. Phys. rev. lett., 2007, vol. 99, str. 197801-1-197801-4.
-
12.
NMR karakterizacija materialov za hranjenje vodika
-
Usmerjeni smo v raziskave novih materialov za potrebe vodikove ekonomije in nizkoogljične družbe, še posebej nas zanimajo fizikalno-kemijske lastnosti novih kovinskih materialov za shranjevanje vodika v vodikovih pogonskih tehnologijah, difuzijo vodika v materialih za shranjevanje vodika za potrebe gorivnih celic ter "pametne" materiale za večnamensko uporabo v nizkoogljični družbi (vodikove tehnologije, materiali s termičnim spominom).
Z znanjem, ki ga imamo:
- razvijamo metode za merjenje dinamike vodika z meritvami lastne difuzije vodika v gradientu polja superprevodnega magneta,
- razvijamo metode za merjenje dinamike vodika z meritvami relakometrijskih profilov s hitrim cikliranjem magnetnega polja,
- določamo in poskušamo razumeti lastnosti materialov v odvisnosti od koncentracije elementov zlitine, temperature in koncentracije vodika,
- razvijamo, karakterizaciramo in optimiziramo nove kovinske steklaste materiale na osnovi cirkonija
- merimo molekulske oz. mrežne dinamike poljubnih materialov ki vsebujejo vodik na frekvenčnem področju od 2 kHz do 500 MHz,
- razvijamo metodo NQR za detekcijo prepovedanih ali nevarnih snovi (eksplozivi, droge). Metodo lahko uporabimo tudi za razlikovanje med polimorfnimi oblikami snovi, npr. zdravilnih učinkovin.

Vodja projekta:
Reference:
- M. Wencka, M. Jagodič, A. Gradišek, A. Kocjan, Z. Jagličić, P.J. McGuiness, T. Apih, Y. Yokoyama, J. Dolinšek, Physical properties of Zr-Cu-Al-Pd bulk glassy alloys, (2010) Journal of Alloys and Compounds, sprejeto v objavo
- GRADIŠEK, Anton, KOCJAN, Andraž, MCGUINESS, Paul J., APIH, Tomaž, KIM, Hae Jin, DOLINŠEK, Janez. Deuterium dynamics in the icosahedral and amorphous phases of the Ti‑40Zr40Ni20 hydrogen-absorbing alloy studied by 2H NMR. (2008) J. phys., Condens. Matter, 20, 475209
- Blinc, R., Arčon, D., Umek, P., Apih, T., Milia, F., Rode, A.V. Carbon nanofoam as a potential hydrogen storage material (2007) Physica Status Solidi (B) Basic Research, 244, 4308
- Dolinšek, J., Apih, T., Klanjšek, M., Kim, H.J., Köster, U. Hydrogen diffusion in quasicrystalline and amorphous Zr-Cu-Ni-Al (2007) Catalysis Today, 120, 351
- Apih, T., Bobnar, M., Dolinšek, J., Jastrow, L., Zander, D., Köster, U. Influence of the hydrogen content on hydrogen diffusion in the Zr69.5Cu12Ni11Al7.5 metallic glass (2005) Solid State Communications, 134, 337
-
13.
Slikanje z magnetno resonanco
-
Ukvarjamo se z magnetno resonančnim slikanjem bioloških sistemov in mateiralov. Razvijamo metode slikanja z visoko prostorsko ločljivosjo, spremljanja časovne dinamike vsebosti vode in načina njene vezave in gibljivosti.
Z znanjem, ki ga imamo:
- izvajamo MR slikanje – npr. določitev povezave med MR lastnostmi in topnostjo krvnih strdkov,
- uporabljamo MRI metode za spremljanje lastnosti sestavin in sistemov farmacevtskih oblik,
- določamo odvisnost gelske plasti in sproščanja zdravilnih učinkovin iz tablet pri različnih pH vrednostih in ionskih močeh medija,
- izvajamo Magnetnoresonančno slikanje malih živali in
- izvajamo molekularno slikanje.

Vodja projekta:

Reference:
- VIDMAR, Jernej, BLINC, Aleš, SERŠA, Igor. A comparison of the ADC and T2mapping in an assessment of blood-clot lysability. NMR biomed., 2010, issue 1, vol. 23, 7 str.ustr. 34-40, doi:
- Mikac U, Sepe A, Kristl J, Baumgartner S. A new approach combinig different MRI methods to provide detailed view on swelling dynamics of xanthan tablets influencing drug release at different pH and ionic strength. J. Control. Release, 2010, doi: 10.1016/j.jconrel.2010.04.018
- SERŠA, Igor. Auxiliary phase encoding in multi spin-echo sequences: Application to rapid current density imaging. J. Magn. reson., 2008, 190, p. 86-94.
- Stepišnik J, Lasič S, Mohorič A, Serša I, Sepe A, Spectral characterization of diffusion in porous media by the modulated gradient spin echo with CPMG sequence. J. Magn. Reson., 2006, 182, p. 195-199.
- Serša I, Sepe A, Mikac U. MRI study of polenta gelatinization during cooking. Magnetic resonance in food science : from molecules to man : proceedings of the 8th International Conference on the Applications of Magnetic Resonance in Food Science, 16-19 July 2006, University of Nottingham.
-
14.
Razvoj magnetoresonančnih sond
-
Raziskovalni cilj je razvoj nove merilne sonde za jedrsko magnetno resonanco, ki bo omogočala raziskave na multiferoikih. Jedrska magnetna resonanca je zelo primerna metoda za te raziskave, saj multiferoiki večinoma vsebujejo NMR aktivna jedra, ki jih lahko uporabimo kot mikroskopske sonde za opazovanje lokalne okolice. Komercialne NMR sonde so za to delo večinoma neprimerne oziroma neučinkovite. Sodobni multiferoiki so tanki vzorci, zato zaradi optimalne občutljivosti NMR eksperimenta detekcijsko tuljavo prilagodimo obliki vzorca. S tem pa se omejimo na le eno orientacijo magnetnega polja. Nova sonda bo to pomanjkljivost odpravila. Komercialne NMR sonde večinoma tudi ne omogočajo takšne nadgradnje sonde, da bi vzorce lahko opazovali pri pogojih pomembnih za multiferoike: pod vplivom električnega polja, obsevanjem z UV svetlobo, pri zelo nizkih temperaturah, in pod vplivom mehanske deformacija oziroma napetosti. Nova sonda bo modularne narave, tako da bo sestavljena is osnove s skupnimi elementi za vse eksperimente, ter posameznih modulov potrebnih za delo pri različnih pogojih.
Z znanjem, ki ga imamo:
- izvajamo visokoločljivo jedrsko magnetoresonančno spektroskopijo mehkih in trdnih vzorcev
- 500MHz spektrometer, superprevodni magnet s široko odprtino,
- CP-MAS sonda 35kHz, T-območje 170K do 370K,
- sonda za mikroslikanje (2 T/m gradient),
- sonda z goniometrom, T-območje 80K do 400K,
- kriostat na konstantni pretok, T-območje 4K do 500K.
- NMR vzorcev in situ obsevanih z uv in vidno svetlobo preko fiberoptičnega valovnega vodnika,
- NMR vzorcev in situ izpostavljenih mehanski deformaciji v režimu konstantne sile in konstantnega raztezka,
- NMR makroskopsko anizitropnih ter rotacijsko nesimetričnih in tankih vzorcev,
- NMR vzorcev in situ izpostavljenih električnemu polju,
- NMR pri visokih pritiskih.

Vodja projekta:
Reference:
- CORDOYIANNIS, George, LEBAR, Andrija, ROŽIČ, Brigita, ZALAR, Boštjan, KUTNJAK, Zdravko, ŽUMER, Slobodan, BRÖMMEL, Filicitas, KRAUSE, Simon, FINKELMANN, Heino. Controlling the critical behavior of paranematic to nematic transition in main-chain liquid single-crystal elastomers. Macromolecules, 2009, issue 6, vol. 42, str. 2069-2073.
- DOMENICI, Valentina, AMBROŽIČ, Gabriela, ČOPIČ, Martin, LEBAR, Andrija, DREVENŠEK OLENIK, Irena, UMEK, Polona, ZALAR, Boštjan, ZUPANČIČ, Blaž, ŽIGON, Majda. Interplay between nematic ordering and thermomechanical response in a side-chain liquid single crystal elastomer containing pendant azomesogen units. Polymer (Guildf.). [Print ed.], 2009, vol. 50, no. 20, str. 4837-4844.
- CHAMBERS, Martin, ZALAR, Boštjan, REMŠKAR, Maja, ŽUMER, Slobodan, FINKELMANN, Heino. Actuation of liquid crystal elastomers reprocessed with carbon nanoparticles. Appl. phys. lett., 2006, 89, str. 243116-1-243116-3.
- ZALAR, Boštjan, LEBAR, Andrija, SELIGER, Janez, BLINC, Robert, LAGUTA, Valentin V., ITOH, Mitsuru. NMR study of disorder in BaTiO[sub]3 and SrTiO[sub]3. Phys. rev., B, Condens. matter mater. phys., 2005, vol. 71, str. 064107-1-064107-12.
- LEBAR, Andrija, KUTNJAK, Zdravko, ŽUMER, Slobodan, FINKELMANN, Heino, SÁNCHEZ-FERRER, A., ZALAR, Boštjan. Evidence of supercritical behavior in liquid single crystal elastomers. Phys. rev. lett., 2005, vol. 94, str. 197801-1-197801-4.