Načrtovanje zdravilnih učinkovin

Z metodami NMR spektroskopije identificiramo in določamo intermolekularne interakcije pri tvorbi kompleksov ligand-receptor. Zanimajo nas proteinske tarče, ki imajo potencial za razvoj novih zdravilnih učinkovin. Razvijamo nove teste za spremljanje encimske aktivnosti in inhibitorne aktivnosti  ligandov. Raziskujemo strukturno-dinamičen vpogled  v razlike med inhibitornimi aktivnostmi novih ligandov, ki lahko bistveno nadgradi racionalno načrtovanje novih zdravilnih  učinkovin osnovano le na študijah rigidne kristalne strukture.

Z znanjem, ki ga imamo raziskujemo:

  • na področju NMR rešetanja novih ligandov proteinskih tarč,
  • konformacijo in dinamiko molekul in njihovih kompleksov,
  • interakcije ligand-receptor,
  • interakcije molekul z membranami,
  • molekularne transformacij,e
  • izolacijo izotopsko označenih proteinskih tarč in
  • teste encimske aktivnosti.

Vodja projekta:

  • doc. dr. Simona Golič Grdadolnik
Reference:
  • FOTAKIS, Charalambos, GEGA, S., SIAPI, Eleni, POTAMITIS, Konstantinos, VIRAS, Kyriakos, MOUTEVELIS MINAKAKIS, Panayiota, KOKOTOS, George, DURDAGI, Serdar, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, SARTORI, B., RAPPOLT, Michael, MAVROMOUSTAKOS, Thomas. Interactions at the bilayer interface and receptor site induced by the novel synthetic pyrrolidinone analog MMK3. Biochim. biophys. acta, Biomembr.. [Print ed.], 2010, vol. 1798, no. 3, str. 422-432,
  • SIMČIČ, Mihael, HODOŠČEK, Milan, HUMLJAN, Jan, KRISTAN, Katja, URLEB, Uroš, KOCJAN, Darko, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. NMR and molecular dynamics study of the binding mode of naphthalene-N-sulfonyl-D-glutamic acid derivatives: novel MurD ligase inhibitors. J. med. chem., 2009, vol. 52, no. 9, str. 2899-2908.
  • KOROŠEC, Tina, AČIMOVIČ, Jure, SELIŠKAR, Matej, KOCJAN, Darko, FON TACER, Klementina, ROZMAN, Damjana, URLEB, Uroš. Novel cholesterol biosynthesis inhibitors targeting the human lanosterol 14[alpha]-demethylase (CYP51). Bioorg. med. chem.. [Print ed.], 2008, vol. 16, no. 1, str. 209-221.
  • KOROŠEC, Tina, GRDADOLNIK, Jože, URLEB, Uroš, KOCJAN, Darko, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Synthesis, Conformation, and Stereodynamics of a Salt of 2-[2-(3,4-Dichlorophenyl)- ethyl]propylamino)-1-pyridin-3-ylethanol. J. org. chem., 2006, vol. 71, no. 2, str. 792-795.
  • URLEB, Uroš, KOCJAN, Darko, KOROŠEC, Tina, ROZMAN, Damjana, AČIMOVIČ, Jure, TOMAŽIČ, Alenka, RODE, Breda. Heterocyclic compounds : WO2007/073935 A1 : št. prijave PCT/EP2006/012541 : datum prijave: 27 December 2006 : prioritetni datum: 29 December 2005. World Intellectual Property Organization, 2007; Geneve. 37 str.